Příspěvkové organizace mohou provozovat i tzv. vedlejší hospodářskou činnost

Příspěvkové organizace mohou provozovat i tzv. vedlejší hospodářskou činnost mimo svoji hlavní činnost, za předpokladu, že k výdajům na tuto činnost nepoužijí prostředky zřizovatele a výsledky z hospodářské činnosti použijí pro svoji hlavní činnost. Hospodářskou činnost může PO provozovat jen v souladu s dalšími zákonnými předpisy (živnostenský zákon, zákon o daních z příjmu) a na základě schválení zřizovatele.
Hospodaření státních příspěvkových organizací se řídí rozpočtem nákladů a výnosů, který je po zahrnutí příspěvku ze státního rozpočtu vyrovnaný. Rozpočet se sestavuje na hlavní činnost. Pokud by rozpočet vykazoval přebytek výnosů nad náklady, stanoví zřizovatel odvod z provozu. Při významné změně podmínek, za nichž byl stanoven příspěvek ze státního rozpočtu, může zřizovatel buď zkrátit příspěvek, nebo stanoví dodatečně odvod z provozu. Při opačné situaci může zvýšit příspěvek. Jestliže nebude v rozpočtu zřizovatele pro toto řešení krytí, může PO obdržet přechodnou návratnou finanční výpomoc, kterou vyrovná z výsledku hospodaření následujících let. Kdyby se tak nestalo, zruší zřizovatel příspěvkovou organizaci do konce následujícího roku po roce, kdy měl být zhoršený výsledek uhrazen. Činnosti, které zajišťovala rušená příspěvková organizace, pokud jsou potřebné, zajistí organizační složka státu.
Příspěvková organizace hospodaří se státním majetkem. Rozlišuje se však příjem z hospodaření s nemovitým majetkem a příjmy z hospodaření s movitými věcmi. Příjmy z pronájmu nemovitostí, případně příjmy z prodeje nemovitého majetku České republiky se vždy odvádějí do státního rozpočtu. Povinnost odvodu se nevztahuje na nemovitý majetek, který PO získala darem nebo dědictvím. V případě, že by darovaný majetek prodala, příjem, z prodeje jí zůstane k dispozici a bude zdrojem fondu reprodukce majetku. Příjmy z prodeje dlouhodobého movitého majetku se stávají zdrojem fondu reprodukce majetku.